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コムギの染色体欠失系統を用いた5A染色体長腕の量的遺伝子座分析 OAK
秋山, 雅世; 三浦, 秀穂; 加藤, 清明; 沢田, 壮兵; AKIYAMA, Masayo; MIURA, Hideho; Kato, Kiyoaki; SAWADA, Souhei.
Palavras-chave: 染色体欠失系統; 量的遺伝子座; RFLP; コムギ; Chromosome deletion stock; QTL; RELP; Wheat.
Ano: 1998 URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/1293
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Algoritmo para cálculo da proporção de genes idênticos por descendência, para mapear QTL em famílias de meio-irmãos R. Bras. Zootec.
Martinez,Mario Luiz; Vukasinovic,Natascha.
O desenvolvimento de mapas de ligação tem estimulado a procura por métodos que permitam mapear genes responsáveis por variação em loci de características quantitativas (QTL). O método de pares-de-irmãos com base na relação entre indivíduos idênticos por descendência (IBD) tem sido utilizado para mapear QTLs. O objetivo deste trabalho foi estender o método de HASEMAN e ELSTON (1972) para se estimar a proporção (pi) de genes IBD em famílias de meio-irmãos. Os resultados obtidos sugerem que os procedimentos usados foram eficientes para se estimar p, mesmo quando os genótipos dos pais foram parcial ou totalmente desconhecidos.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genes idênticos por descendência; Meio-irmãos; QTL.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982000000200018
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Poder de detecção de "Quantitative Trait Loci", da análise de marcas simples e da regressão linear múltipla Scientia Agricola
Silva,Heyder Diniz; Vencovsky,Roland.
O mapeamento de locos envolvidos no controle gênico de caracteres quantitativos, QTL's, difere dos demais tipos de experimentos conduzidos em genética, por tratar-se, basicamente, de um procedimento de testes múltiplos. Um problema decorrente deste tipo de análise refere-se ao nível de significância conjunto e, consequentemente ao poder da mesma. Em vistas disto avaliou-se, via simulação computacional de dados, o poder de detecção de QTL's da análise de marcas simples, utilizando os critérios da razão de falsas descobertas (FDR) e de Bonferroni para determinação nível de significância conjunto alfa* e da regressão linear múltipla, empregando o procedimento "stepwise" para seleção das marcas. O procedimento baseado em regressão múltipla foi mais poderoso em...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Correção de Bonferroni; Testes múltiplos; Razão de falsos positivos (FDR).
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162002000400020
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Mapas genéticos em plantas Bragantia
Carneiro,Monalisa Sampaio; Vieira,Maria Lucia Carneiro.
Ao lado dos projetos de seqüenciamento e das análises do cariótipo pelas técnicas de hibridização in situ, o desenvolvimento de mapas genéticos fundamentados em marcadores de DNA tem propiciado consideráveis avanços à genômica de plantas. Esta revisão aborda as premissas básicas utilizadas para o mapeamento genético e suas principais aplicações, especialmente para o melhoramento vegetal. Fundamentos teóricos sobre segregação, recombinação e ligação são considerados e relacionados à construção de mapas genéticos com marcas moleculares. Apresentam-se informações sobre tipos de marcadores, populações de mapeamento, cálculo da freqüência de recombinação, distorções da segregação, estabelecimento dos grupos de ligação e da ordenação dos marcadores. Discute-se,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Mapas de ligação; Marcadores moleculares; QTL; Mapeamento comparativo.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052002000200002
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QTL affecting body weight in a candidate region of cattle chromosome 5 Genet. Mol. Biol.
Machado,Mariana B.B.; Alencar,Maurício M.; Pereira,Andréa P.; Oliveira,Henrique N.; Casas,Eduardo; Coutinho,Luis L.; Regitano,Luciana C.A..
The objective of this work was to identify QTLs for liveweight in a candidate region of bovine chromosome 5. Half-sib families from two lines, one traditional and the other new, of Canchim beef cattle (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) were genotyped for four microsatellite markers, including the microsatellite in the IGF-1 (insulin-like growth factor-1) promoter region. Significant differences in allele distribution between the two lines were found for three markers. Interval mapping analyses in this region indicated the presence of a QTL controlling birth weight (p < 0.05) and of a QTL influencing breeding value for yearling weight (p < 0.01) in the newer line of the breed. The previously identified interaction between the IGF-1 genotype and genetic group...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Growth traits; Microsatellite; Bovine.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572003000300008
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Caracterização de linhagens endogâmicas recombinantes e mapeamento de locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum PAB
Faleiro,Fábio Gelape; Schuster,Ivan; Ragagnin,Vilmar Antônio; Cruz,Cosme Damião; Corrêa,Ronan Xavier; Moreira,Maurílio Alves; Barros,Everaldo Gonçalves de.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar 154 linhagens endogâmicas recombinantes por meio da avaliação de características quantitativas, morfológicas, moleculares e de resistência a doenças e mapear locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Adotando o valor do limite de detecção (LOD) de 4,0 e uma freqüência máxima de recombinação de 0,40, foram mapeados 43 marcadores em nove grupos de ligação cobrindo uma distância de recombinação total de 247,8 cM. A distância entre marcadores adjacentes variou entre 0 e 28 cM, com média de 7,3 cM. Os grupos de ligação variaram em tamanho de 2,3 a 61,2 cM. Os genes de resistência à ferrugem e à antracnose ficaram localizados no mesmo grupo de ligação. Foram mapeados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; QTL; Mapa genético; Progênie; Marcador genético; Método de melhoramento.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2003001200005
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Mapeamento de QTL em famílias de irmãos completos por meio de modelos aleatórios Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Silva,M.V.G.B; Martinez,M.L.; Torres,R.A.; Lopes,P.S.; Euclydes,R.F.; Machado,M.A.; Arbex,W..
Foi realizado um estudo por meio de simulação para avaliar a eficiência e o poder dos modelos aleatórios na estimação da localização e dos componentes de variância relativos a dois QTLs presentes no mesmo cromossomo, posicionados no mesmo intervalo, em intervalos adjacentes ou não. Admitiram-se diferentes tamanhos e números de famílias de irmãos completos e variâncias dos QTLs, em característica com herdabilidade igual a 0,25. A estimação dos parâmetros foi obtida por meio do método da máxima verossimilhança, baseado no quadrado da diferença de pares de irmãos, sob mapeamento por intervalo. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir da proporção IBD de dois marcadores flanqueadores. Os fatores que mais...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Mapeamento por intervalo; Marcador genético; Método dos pares de irmãos; Modelo aleatório; QTL.
Ano: 2004 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352004000200014
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Quantitative trait locus affecting birth weight on bovine chromosome 5 in a F2 Gyr x Holstein population Genet. Mol. Biol.
Gasparin,Gustavo; Miyata,Marcelo; Coutinho,Luiz Lehmann; Martinez,Mário Luiz; Silva,Marcos Vinícius G. Barbosa da; Machado,Marco Antônio; Campos,Ana Lúcia; Regitano,Luciana Correia de Almeida.
Segregation between a genetic marker and a locus influencing a quantitative trait in a well delineated population is the basis for success in mapping quantitative trait loci (QTL). To detect bovine chromosome 5 (BTA5) birth weight QTL we genotyped 294 F2 Gyr (Bos indicus) x Holstein (Bos taurus) crossbreed cattle for five microsatellite markers. A linkage map was constructed for the markers and an interval analysis for the presence of QTL was performed. The linkage map indicated differences in the order of two markers relative to the reference map (<A HREF="http://www.marc.usda.gov/">http://www.marc.usda.gov</A>). Interval analysis detected a QTL controlling birth weight (p < 0.01) at 69 centimorgans (cM) from the most centromeric marker...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: BTA5; Birth weight; Cattle; QTL; Microsatellite markers.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572005000500005
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Exploratory analysis of single nucleotide polymorphism (SNP) for quantitative traits AgEcon
Cleves, Mario A..
With the decreasing cost and the increasing ability to quickly genotype single nucleotide polymorphisms (SNP) across the human genome, large databases containing possibly hundreds of typed SNPs are becoming common in population-based studies of quantitative traits. Testing for association between individual SNPs and the quantitative trait is an important first step in the discovery of disease susceptibility SNPs. This task, however, could be time-consuming and tedious if a large number of SNPs is involved. In this article, I introduce two new commands designed to facilitate the screening and testing of multiple SNPs for possible association with quantitative traits.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Hwsnp; Qtlsnp; Genetic epidemiology; Genetic linkage; QTL; Biallelic marker; Single nucleotide polymorphisms; Hardy–Weinberg; Research Methods/ Statistical Methods.
Ano: 2005 URL: http://purl.umn.edu/117508
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Modelos aleatórios na estimação da localização de QTLs em famílias de meios-irmãos R. Bras. Zootec.
Silva,Marcos Vinicius G. Barbosa da; Martinez,Mário Luiz; Torres,Robledo de Almeida; Lopes,Paulo Sávio; Euclydes,Ricardo Frederico; Pereira,Carmen Silva; Machado,Marco Antônio; Arbex,Wagner.
O procedimento de mapeamento por intervalo baseado em modelo aleatório foi aplicado para estudar sua robustez e propriedades no mapeamento de dois QTLs, em populações constituídas de famílias de meios-irmãos. Sob o modelo aleatório, a localização e os componentes de variância foram estimados usando o método da máxima verossimilhança. A estimação dos parâmetros foi baseada na metodologia de pares de irmãos. As proporções de genes idênticos por descendência (IBD) dos QTLs foram estimadas a partir das proporções IBD de dois marcadores flanqueadores. As estimativas dos parâmetros dos QTLs (localizações e componentes de variância) e do poder de detecção, em uma característica com h² = 0,25, foram obtidas usando dados simulados, variando-se o número de famílias,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Mapeamento por intervalo; Marcador genético; Método dos pares de irmãos; Modelo aleatório; QTL.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982005000100009
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Strategic marker selection to detect quantitative trait loci in chicken Scientia Agricola
Ruy,Deborah Clea; Nones,Kátia; Baron,Erica Elias; Ledur,Mônica Corrêa; Melo,Cláudio Manoel Rodrigues de; Ambo,Marcel; Campos,Raquel de Lello Rocha; Coutinho,Luiz Lehmann.
Selective genotyping for a certain trait in individuals with extreme phenotypes contributes sufficient information to determine linkage between molecular markers and quantitative trait loci (QTL). In this experiment an F2 population, developed by crossing males from a broiler line with females from a layer line, was employed to detect QTL on chromosomes 3 and 5. Twenty-eight performance and carcass traits were measured in F2 offspring, and phenotypic correlations between traits were calculated. Body weight at 42 days (BW42) presented the greatest positive correlations with most other traits, with correlation between body weights at 35 and 41 days, weight gain between birth and 35, 41 and 42 days, as well as weights of carcass and some body parts superior...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Broiler; Selective genotyping; Body weight.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162005000200003
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Quantitative trait loci mapping for meat quality traits in swine chromosome 6 Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Pires,A.V.; Lopes,P.S.; Guimarães,S.E.F.; Guimarães,C.T.; Gomide,L.A.M.; Benevenuto Júnior,A.A.; Carmo,F.M.S..
The current study was carried out to perform QTL mapping on swine chromosome 6 (SSC6) associated to meat quality traits. The F2 population was produced by outbreed crossing using two native Brazilian breed Piau boars and 18 commercial sows. A total of 557 F2 animals were genotyped for 13 microsatellite markers. The traits evaluated on the F2 population were: pH measured 45 minutes and 24 hours post mortem (pH 45, pH24, respectively), drip loss (DL), cooking loss (CL), total loss (TL), intramuscular fat content (IMF), objective tenderness (OT), lightness (L), redness (A), yellowness (B), hue angle (h) and chrome (c). Data were analyzed by multiple regression developed for analysis of outbreed line crosses, using the QTL Express Software. Significant QTL...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Outbreed cross; Genetic; Molecular marker; Animal breeding.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352005000500006
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Genetic engineering applications in animal breeding Electron. J. Biotechnol.
Montaldo,Hugo H..
This paper discusses the use of genetic engineering applications in animal breeding, including a description of the methods, their potential and current uses and ethical issues. Genetic engineering is the name of a group of techniques used to identify, replicate, modify and transfer the genetic material of cells, tissues or complete organisms. Important applications of genetic engineering in animal breeding are: 1) Marker-assisted selection (MAS). The objective of this technology is to increase disease resistance, productivity and product quality in economically important animals by adding information of DNA markers to phenotypes and genealogies for selection decisions. 2) Transgenesis, the direct transfer of specific genes/alleles between individuals,...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Adult mammalian cloning; Biotechnology; Gene mapping; GMOS; MAS; QTL; Transgenics.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582006000200010
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Partitioning genetic effects due to embryo, cytoplasm and maternal parent for oil content in oilseed rape (Brassica napus L.) Genet. Mol. Biol.
Wu,Jian-Guo; Shi,Chun-Hai; Zhang,Hai-Zhen.
Analysis of genetic main effects and genotype x environment (GE) interaction effects on the oil content of oilseed rape (Brassica napus L.) was conducted by using a genetic model for the quantitative traits of seeds in diploid plants. The experiments were carried out over two years with 8 parents and a diallel mating design, which produced F1 and F2 generations. We found that the oil content of rape was simultaneously controlled by embryo genetic effect, cytoplasmic effects and maternal genetic effect as well as GE interaction effects, with the cytoplasmic and maternal effects playing the main role. The results indicate that selection of maternal plants for high oil content would be more efficient than selection based on single seeds. Since the GE...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Breeding selection; Environmental interactions; Heritability; QTL.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572006000300023
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Increased grain dormancy in white-grained wheat by introgression of preharvest sprouting tolerance QTLs OAK
Kottearachchi, NS; Uchino, N.; Kato, Kiyoaki; Miura, Hideho; 加藤, 清明; 三浦, 秀穂.
White-grained wheat cultivars have long been recognized to be less resistant to preharvest sprouting (PHS) than the red-grained ones. Previously two QTLs for grain dormancy, QPhs.ocs-3A.1 (QPhs-3AS) and QPhs.ocs-4A.1 (QPhs-4AL) were identified in a highly dormant Japanese red wheat, Zenkoujikomugi (Zen). Aiming at improvement of PHS tolerance in white-grained wheat, the introgression effect of these two QTLs in a white-grained population consisting of 40 recombinant inbred lines (RILs) developed from a cross between Zen and white-grained Spica was examined here. Random 20 RILs with red grains were also developed from the same cross and used as a control population. The RILs were grown in the field and in the glasshouse to evaluate the grain dormancy by...
Palavras-chave: Grain dormancy; Molecular marker; QTL; Triticum aestivum; White-grained wheat.
Ano: 2006 URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/714
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Mapeamento de locos de características quantitativas no cromossomo 6, associados às características de carcaça e de órgãos internos de suínos R. Bras. Zootec.
Pires,Aldrin Vieira; Lopes,Paulo Sávio; Guimarães,Simone Eliza Facioni.
Com o objetivo de mapear locos de características quantitativas (QTLs) associados às características de carcaça e de órgão internos, uma população composta de 550 animais F2 foi produzida a partir do intercruzamento da geração F1, obtida pelo cruzamento divergente de dois machos da raça nativa brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais. Os animais foram genotipados para 13 marcadores microssatélites distribuídos no cromossomo 6. As características avaliadas foram: comprimento de carcaça pelos métodos brasileiro e americano, peso e rendimento de carcaça, espessura de toucinho na região da copa, espessura de toucinho imediatamente após a última costela, espessura de toucinho entre a última e a penúltima vértebra lombar, menor espessura de toucinho na região...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Cruzamento divergente; Genética molecular; Melhoramento animal.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982006000600012
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Genetic control of seed dormancy and pre-harvest sprouting in wheat Scientia Agricola
Andreoli,Claudinei; Bassoi,Manoel Carlos; Brunetta,Dionisio.
Pre-harvest sprouting (PHS) damage leads to occasional massive losses in all wheat producing areas, causing downgrading of grain quality, that severely limits end-use applications and results in substantial financial losses to farmers and food processors. Red grain color is a traditional marker for resistance to sprouting in wheat breeding programs, however red-grained genotype alone does not always guarantee effective resistance. The objective of this work was to find genes for resistance to PHS and investigate its inheritance in Brazilian wheat cultivars. Genetic variation for dormancy was investigated in the parents, F1 and 300 F2 lines derived from the cross Frontana × OR1 and its reciprocal. The germination/dormancy sprouted grains was evaluated on...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: Triticum aestivum; QTL; Alpha-amylase; Digenic model; Phenotype.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162006000600009
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Quantitative trait loci mapping of pubescence density and flowering time of insect-resistant soybean (Glycine max L. Merr.) Genet. Mol. Biol.
Komatsu,Kunihiko; Okuda,Shiori; Takahashi,Masakazu; Matsunaga,Ryoichi; Nakazawa,Yoshinori.
Analysis of antibiosis resistance to common cutworm (Spodoptera litura Fabricius) in soybean (Glycine max (L.) Merr.) has progressed significantly, but the immediate cause remains unknown. We performed quantitative trait loci (QTL) analysis of pubescence density and plant development stage because these factors are assumed to be the immediate cause of resistance to cutworm. The QTLs for pubescence appeared to be identical to the previously detected the Pd1 and Ps loci controlling pubescence density. We found no candidate loci for flowering time QTLs, although one could be identical to the gene governing the long-juvenile trait or to the E6 loci controlling maturity. None of the QTLs overlapped with the QTLs for antibiosis resistance.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Glycine max; Hair; Maturity; Pest resistance; QTL; SSR.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000400022
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Quantitative trait loci (QTL) mapping for growth traits on bovine chromosome 14 Genet. Mol. Biol.
Miyata,Marcelo; Gasparin,Gustavo; Coutinho,Luiz Lehmann; Martinez,Mario Luiz; Machado,Marco Antonio; Silva,Marcos Vinicius G. Barbosa da; Campos,Ana Lucia; Sonstegard,Tad S.; Rosário,Millor Fernandes do; Regitano,Luciana Correia de Almeida.
Quantitative trait loci (QTL) mapping in livestock allows the identification of genes that determine the genetic variation affecting traits of economic interest. We analyzed the birth weight and weight at 60 days QTL segregating on bovine chromosome BTA14 in a F2 resource population using genotypes produced from seven microsatellite markers. Phenotypes were derived from 346 F2 progeny produced from crossing Bos indicus Gyr x Holstein Bos taurus F1 parents. Interval analysis to detect QTL for birth weight revealed the presence of a QTL (p < 0.05) at 1 centimorgan (cM) from the centromere with an additive effect of 1.210 ± 0.438 kg. Interval analysis for weight at 60 days revealed the presence of a QTL (p < 0.05) at 0 cM from the centromere with an...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: TA14; Cattle; F2; Growth traits; Molecular markers; QTL.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572007000300011
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A first linkage map for the European flat oyster, Ostrea edulis towards the identification of Bonamia resistance QTLs ArchiMer
Lallias, Delphine; Beaumont, Andy; Haley, Chris; Heurtebise, Serge; Boudry, Pierre; Lapegue, Sylvie.
The flat oyster Ostrea edulis is an endemic European oyster species, found on both Atlantic and Mediterranean coasts. Its aquacultural production has dramatically decreased due to two successive diseases caused by the intracellular parasites Marteilia refringens and Bonamia ostreae. Since 1985, Ifremer has undertaken a breeding program to produce oyster families which are tolerant to Bonamia. In this context, a genetic map was therefore established as a basis for Quantitative Trait Loci (QTLs) analysis. The reference family was an F2 family coming from a first bi-parental cross between a wild oyster and an individual from the fifth generation inbred line of the Bonamia tolerance selection program. This inbred line had shown no mortality when reared in...
Tipo: Text Palavras-chave: Parasite; Bonamia ostreae; Bonamiosis; QTL; Genetic; Ostrea edulis; Flat oyster.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3459.pdf
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